لایدن یکی از نظام های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه های برتر دنیا را بر اساس شاخص های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه بندی قرار می دهد که در سال 2018 ، دانشگاه های دنیا در 9 شاخص در قالب 2 معیار کلی مرجعیت علمی و دیپلماسی علمی در لایدن مورد رتبه بندی قرار گرفتند. بر این اساس طبق نظام رتبه بندی سال جاری لایدن، تعداد 23 دانشگاه از جمهوری اسلامی ایران در جمع 938 دانشگاه برتر جهان قرار گرفتند و این در حالی است که در سال 2017 این تعداد برابر با 18 دانشگاه بوده است.این ارزیابی ها از تولیدات علمی دانشگاه ها در سال های 2013 الی 2016 از پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده کرده است و معیار مرجعیت علمی (تاثیر علمی) از شاخص هایی چون مقالات 1% برتر، مقالات 5% برتر، مقالات 10% برتر و مقالات 50% برتر بهره گرفته است.معیار دیپلماسی علمی نیز از شاخص هایی چون همکاری علمی، همکاری بین المللی، همکاری صنعتی، همکاری علمی با فاصله جغرافیایی کمتر از 100 کیلومتر و همکاری علمی با فاصله جغرافیایی بیشتر از 5000 کیلومتر استفاده کرده است. همچنین ایران نسبت به دیگر کشور های منطقه همچون عربستان، ترکیه و مالزی بیشترین رشد تعداد دانشگاه در بین دانشگاه های برتر دنیا را داشته است.در سال 2018 دانشگاه های تهران، امیرکبیر، پزشکی تهران، صنعتی شریف، تربیت مدرس، صنعتی اصفهان، علم و صنعت ایران، فردوسی مشهد، شیراز، تبریز، پزشکی شهید بهشتی، علوم تحقیقات تهران، شهید بهشتی، صنعتی خواجه نصیر، اصفهان، گیلان، کاشان، پزشکی اصفهان، پزشکی شیراز، پرشکی تبریز، پزشکی مشهد، بوعلی سینا و شهید باهنر کرمان در رتبه بندی لایدن در فهرست دانشگاه های برتر قرار گرفتند.